O Convento de São Francisco de Setúbal era masculino e pertencia à Ordem dos Frades Menores e à Província dos Algarves. Ao longo dos séculos foi objecto de obras de valorização. Com a extinção das ordens religiosas na sequência da Revolução Liberal de 1833 foi vendido em hasta pública. Após a Revolução do 25 de Abril foi ocupado com desalojados em condições de grande precariedade. Cedido à Casa Pia de Lisboa para nele serem alojados jovens casapianos após obras de adaptação, viu esse projecto ser abandonado, preconizando a D.G. do Património a sua demolição e consequente urbanização da zona, com a construção de vários blocos de habitação e comércio, equipamentos multiusos e estacionamentos. Este processo foi travado em 2006 pela Liga dos Amigos de Setúbal e Azeitão (LASA) que propôs à Câmara de Setúbal que o Convento de São Francisco fosse classificado como "imóvel de interesse municipal".No século XIX e até 1910 este antigo Convento de S. Francisco, albergou o Colégio da Companhia de Jesus, anteriormente instalado no Colégio de S. Francisco Xavier, transformado no século XVIII em palacete, o denominado Palácio Frixell, após a expulsão dos Jesuítas por D. José I e pelo Marquês de Pombal.

